La Procura della Repubblica di Pisa è articolata su due aree individuate per specifiche funzioni e servizi:
- area amministrativo-contabile
- area giurisdizionale
Ogni area è organizzata in segreterie o uffici, suddivisi per omogeneità di attività, secondo criteri di funzionalità, efficienza ed efficacia, al fine di garantire un servizio ottimale alla giurisdizione e all'utenza.
Il Procuratore della Repubblica è un magistrato che dirige l'ufficio della Procura, la quale è il centro di attività del Pubblico Ministero. È il titolare dell'azione penale, responsabile di assicurarne il corretto esercizio e di organizzare il lavoro del suo ufficio, e può esercitare personalmente tali funzioni o delegarle ad altri magistrati dell'ufficio.
La struttura amministrativa fa capo al Dirigente Amministrativo che ne è il punto di coordinamento organizzativo e si occupa della gestione delle risorse umane, finanziarie e strumentali funzionali allo svolgimento dell'attività dei Magistrati ed al funzionamento di tutti i servizi della Procura della Repubblica.